L’école est dirigée par le Directeur Général, nommé par le Gouverneur de la Banque d’Algérie. Elle est organisée en 6 directions fonctionnelles : 1.       La Direction de la formation de longue durée, chargée de la gestion des cycles de formation  du Diplôme Supérieur d'Études Bancaires et du Brevet Supérieur de Banque, 2.       La Direction de la formation de courte durée, chargée de la gestion des formations qualifiantes, 3.       La Direction des supports techniques et pédagogiques chargée de la gestion des équipements pédagogiques (parc d’ordinateurs, fonds documentaire et réseaux), 4.       La Direction du site et du cadre de vie, chargée de la gestion et de la maintenance des infrastructures et équipements, 5.       La Direction de l’administration et des finances, chargée de la gestion du personnel, de la comptabilité et du budget, 6.       La Direction du développement chargée de l’étude et de la gestion des projets de développement de l’école. Les directions sont organisées en sous-directions ou en projets.